Ну смотрите в чем дело. Если речь о том, чтобы полностью избавиться от дерева, то вам и правда нужно будет обращаться в соответствующие службы и получать на это разрешение. А вот спилить верхние ветки так, чтобы они вам ничем не угрожали - это можно сделать и по своей инициативе. Вам просто нужно автовышку в Томске поискать, которая предоставляет подобные услуги: https://tomsk.zakteh.ru/avtoviski